《黑客帝国动画版》由9段以《黑客帝国》系列电影世界观为基础生发出的短片组成，各篇的角度与风格各异，制作班底汇聚了日本、美国、韩国三地的动画精英。《机器复兴》讲述了MATRIX的历史。机器人不堪人类恶劣对待，终于反抗并将人类化为能源。《少年故事》讲述一名少年突然收到来自网络的召唤，而大批黑衣人开始对他展开围捕。《虚拟程序》展示了一对男女在虚拟训练程序中的片断。《世界纪录》描写一位短跑运动员在接近突破人类极限时终被系统牢牢控制。《超越极限》叙述因为系统错误，平静的街区中出现了一片超常区域。《侦探故事》描写一位侦探被步步引领着试图摆脱系统的桎梏。《矩阵化》讲述一只机器人被人类捕获并驯化的故事。《终极战役》记录了一艘飞船毁灭的经过。

　　某天，草帽海贼团漂泊到一个美丽的海岛，此前已经有人先行到达这里。由于父亲临终前的话语，女孩阿曼达和弟弟妹妹霍力、米丽亚出行寻找传说中的小岛和财宝，却在路上被邪恶的海贼佐布囚禁。她以财宝的秘密为诱饵，使佐布两名手下偷偷放了他们，并一路逃亡到这个小岛。然而愤怒的佐布穷追不舍，他们与草帽海贼团发生冲突，只是阿曼达和沉睡的路飞最终被对方掳去。骚乱过后，众人从佐布手下得知真相，而这个小岛据说就是埋藏财宝的地方。
　　另一方面，佐布一众也得知财宝的秘密，于是驱船返回小岛。一场大战似乎在所难免，而关于财宝的真相又是怎样的呢？

一晃眼，上一次的“黄昏事件”已经过去四年了，风平浪静许久的The World中再度发生了似曾相识的神秘事件。秀悟（皆川纯子 配音）想都没想就进入了游戏之中，而玲奈（中原麻衣 配音）亦尾随其后，一同和他们进入游戏的，还有米蕾尤（松冈由贵 配音）。                                                                      　　不了解这个世界的规则的秀悟很快就吃了瘪，在他和玲奈的面前，竟然出现了罕见的强大怪物铠战将军，而秀悟更是因此game over，就在秀悟弥留之际，一个神秘少女出现在了他的眼前，用一个吻使得秀悟死而复生，复生后的秀悟成为了黄金腕轮的继承者。随着时间的推移，众人发现游戏中的世界似乎遭到了某种侵蚀和破坏，黑暗里，一个阴谋正在缓慢酝酿之中。