小学六年级的小织，在父母车祸双亡后被经营温泉旅馆「春之屋」的外婆收养，也开始了她的小女将修行之路。少根筋又冒失的她，时常被敌对旅馆同龄之女秋野真月嘲笑。但生性乐天的小织，在旅馆里的幽灵小卖、美阳及铃鬼鼓励之下，努力地招待每位客人。是一部温暖且欢乐的女孩成长记。
美日战争爆发，14岁的清太带着年幼的妹妹到处逃命，当他们到达防空洞的时候，母亲已身受重伤，没过多久便不久人世。两兄妹自此过着相依为命的日子。他们只好投靠了母亲的姐妹，纵使他们把家里所有的家当都送给了阿姨，但当食物吃完，他们就越感到了寄人篱下的感觉，清太决定带着妹妹离开独自生活。火灾硝烟中的生活并不好过，清太为了妹妹四处偷取食物，但妹妹还是严重营养不良……
在兔子洞里，灵兔白妮看到时间之窗一个接一个地消失... 未来正在消逝，到底发生了什么？ 同时，马丽娜在家中醒来，发现有人利用奇迹少女与黑猫罗尔的米可幻奇许了愿。 很快，她意识到自己需要变身成奇迹少女……但她发现自己的耳环不见了！ 幸运的是，灵兔白妮在愿望消除一切之前赶来救了她。为了一起拯救未来，灵兔白妮和马丽娜必须找出是谁发现马丽娜就是奇迹少女，以及这个人是何时、如何偷走她的米可幻奇的。 马丽娜意识到蝴蝶米可幻奇现在有了新主人，一切希望似乎都消失了。只有一个人能拯救巴黎和世界，那就是奇迹少女自己。
