大人気を呼んだ同題の美少女SFアニメのテレビシリーズをもとに、新作作画や追加作画を交えながら三部作に構成した劇場版の第2部。後藤圭二監督によるディレクターズ・カット版。惑星アウレーの労働者の側に立つエクレール。その結果、宇宙惑星連合の実質的支配階級ノーブルズとその機関""政府総局""に楯突く形になったエクレールとリュミエールは、GOTTの登録を抹消された！ 追われる立場になったエクレールたち。二人の抹殺命令を受けた粛清部隊チーム2たちをかわしながら、彼女たちはGOTTの本部へと乗り込む。そこに待つものは!? テレビシリーズ第12話から第18話あたりまでのエピソードを再構成。テレビシリーズ中盤のハイテンションなパートを大筋にしながら、主人公たちにからむ強烈な意外性の部分をクライマックスに設定。深遠なSF世界観を新作部分の効果で、より明快に伝えようとしている。
从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」，被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。 在社会获得显著发展的背后，恐怖的怪物出现了。 吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
