独角兽岛上，蓝宝石小队的孩子们刚刚把旧秘密翻出来，新的灾难又一桩一桩砸下来。岛上接连发生怪事，而那头 "初代独角兽" 还在外面等着被救。索菲亚和她的伙伴们必须把岛屿更深的秘密一层一层揭开 —— 可队伍里新冒出来的流行明星塞雷娜・富里，到底是朋友，又是另一把藏在笑里的刀？反派 Grimoria 女王 Ravenzella 仍在岛外虎视眈眈。
小兰的朋友原子家铃木财团准备展出他们家珍藏的沙皇尼古拉二世家的宝物——回忆之卵，回忆之卵里收藏了沙皇尼古拉二世一家的珍贵照片，由此特别珍贵。岂料在展出之前，却收到了怪盗基德的通知函，上面用迷语的方式列明他盗宝的时间。原子找到小兰的爸爸名侦探毛利小五郎帮忙，当然，真正的幕后高手柯南也会和小兰一起前来。柯南遇到了同为侦探的服部平次，两人决定一起联手解开怪盗基德之谜！
