充满激烈攻防的高达模型对战全美锦标赛决赛正在如火如荼地展开，某一位斗士的身影出现在了那里。 几个月后，正在彩渡商店街组装新高达模型的五月野美纱露出了比平时更加不悦的表情。美纱似乎是为了平息无处发泄的怒火，把完成的高达模型安装进对战模拟机打算开始对战，而高达模型却突然遭到束缚。 就在盛大活动GB狂欢节即将到来之时，高达模型斗士们的命运突然风云变色。
故事延续第二季主线，灵界与斗魂卫在利益纠葛之下冲突不断，本季灵界派出强盛军队欲对斗魂卫赶尽杀绝，两方势力都在以正在举办门宗大会的五法山为中心汇集，在这里发生着惨烈的战斗与冲突。
