东京卍会与天竺的抗争以惨烈的结局落下帷幕。 在众人各自怀抱着悲伤走向未来之时， 花垣武道对已死的稀咲铁太感到了敬畏。 接着，听说了整个时空穿越经过的佐野万次郎做出了某个决定。 结束战斗、告别过去的花垣武道，终于抵达了恋人橘日向依然存活的最佳未来。 然而，在那里，却不见“他”的身影。 三支队伍争夺霸权—— 在这个被称为 “三天时代” 的世界里， 最后的复仇，就此开始！
199X年。主人公ノブが見つけた就職先は拳王軍で、志望者よりも死亡者が多い危険すぎる職場で、働くことになる。ババアに変装したザコやカサンドラのウイグル獄長、聖帝軍の“汚物は消毒の人”など個性豊かなザコが登場する。
古い街並みと、多くの自然の残る地方都市。実は、この街（ワンダーランド）を維持しているのは、魔法世界リルムから来ている管理者である「魔法少女」であった。「管理者」である魔法少女の特権は、新しい世界を作り出せること。しかし、今の管理者である魔法少女アニエス・ベル（浅羽嬉子）は、それを良しとせず、母から受け継いだ「古い世界」を維持していたのだった。 魔法少女は、人を好きになり「キス」をする事で、魔法の力を失ってしまう。嬉子は、27歳という年齢でありながら魔法少女であり続けるために、結婚した旦那である浅羽保とのキスを拒み、すれ違いから別居しているのだった。 主人公である神楽巽は、大学の陸上部に所属していたが、怪我のため就職することになり、嬉子の家に下宿することになる。その頃、魔法世界からも、新しい管理者候補として、クルージェ（紅さやか）がやって来るのだった。巽に恋したクルージェは、ちょっと大人な姿に変身し、巽に心を開いていく。 業を煮やした魔法世界リルムの評議会は、古い世界から「新しい世界」へ強制的に移行させようと、嬉子の指輪を奪おうと画策するのであった。 街が消えるという事は、その街にいる「大切な人」も消えてしまう…。 浅羽と嬉子、アニエスと巽、巽とクルージェ…。それぞれの恋愛感情が交錯しながら、ゆっくりと少しずつ、物語は加速していく…。
