他为了死亡，选择了侦探之路…… 时为2030年代。 集合在神秘侦探明智小五郎手下的“少年侦探团”。 他们以天赋的行动力，将大大小小的事件导向解决。 某天，成员花崎健介遇到了神秘的少年小林芳雄。 由于“正体不明的烟雾”而变成“无法死去”之身的小林， 期盼着自身的死，拒绝与他人的接触。 对于这样的他的存在怀有兴趣的花崎向他提出“要不要加入‘少年侦探团’？”…… 小林与花崎。他们的相遇， 终将与世纪的犯罪者怪人二十面相和明智小五郎的因缘相互交错， 并推动两人的命运……
改编自高桥留美子的经典漫画。第三季延续前两季的制作阵容，从第25话「修行DEディナー」开始，剧情聚焦良牙对乱马的复仇以及可伦的暗中谋划，同时正式进入「爆碎点穴」篇章。第三季还引入多位新角色，包括大文字煎太郎、红翼等。
