以南葛中和东邦学园同时夺冠而落下帷幕的全国中学生足球大会。 大会后，面向在法国巴黎举办的国际少年青年大会 日本少年青年代表被选出了。 除了发誓向世界飞跃的翅膀之外，日向、若岛津、若林、海角的海外组等最强的布阵。 另一方面，以实力超过日本的世界足球大国也开始行动了。 德国的施耐德、法国的皮埃尔、阿根廷的迪亚斯、意大利的赫尔南德斯等新的竞争对手们也为了获得世界第一的宝座而聚集在巴黎。
小智（松本莉香 配音）来自真新镇，他的目标是要成为神奇宝贝顶级训练师。在即将展开训练师旅程的一天，因为迟到，他并没有拿到初始的小精灵。大木博士（石冢运昇 配音）见状，便送了一只不愿进精灵球和非常调皮的皮卡丘给这位失落的年轻人。于是，他们俩便踏上了精灵宝可梦的旅程。 在旅途中，他们的之间的隔阂逐渐打破，并认识了同行的伙伴诚子（佐藤刊里 配音）与宗次（本乡奏多 配音），并听到了有关凤王的传说。“受到虹色之羽的引导，见到凤王的人，就会成为彩虹勇士...” 本部剧场版是《神奇宝贝》动画系列的第二十部电影。该部电影的剧情是系列动画第一集《神奇宝贝！就决定是你了！》的改编，描述小智与皮卡丘踏上成为宝可梦大师的冒险之旅。
