2010年，曾经的小学生们已经步入大学，太一、阿和等人步上不同的人生道路（八神太一和石田大和将会成长为22岁），而就在此时，数码宝贝的研究者メノア(松冈茉优 配音)却告诉他们：“被选召的孩子们”长大成人后，数码宝贝也将随之消失…。预告中字幕表明这是“太一他们最后的故事” ，结尾则注明：献给所有和数码宝贝一起成长的“孩子”们，还有亚古兽注视着长大成人的太一的背影，“太一，你长大了呢”。
2058年，人们安居乐业，科技高度发展，脑机系统（人脑与计算机互联）早已走入人们的生活。在白洋市一家叫做“绿洲”的脑机系统科技公司，在不断深入研究人脑世界（脑宇宙）时，发现了一种奇怪的症状，他们称之为“蜂群症”。为了遏制“蜂群症”的蔓延，众多平凡英雄前仆后继，一段波澜壮阔的故事就此拉开帷幕。
昂（高森奈津美 配音）是一名平凡的中学生，非常喜欢星星。一天，她竟然遇到了因为宇宙飞船故障而落难在地球的普勒阿得斯星人。普勒阿得斯星人希望昂能够帮助它收集引擎碎片，以此来修理宇宙飞船返回故乡。然而，本来只需要借一人之力便可以完成的任务，不知道为什么变成了五人。 个性大大咧咧有些像男孩子的葵（大桥步夕 配音）、温文尔雅永远都是笑眯眯的树（立野香菜子 配音）、活泼好动运动神经发达的光（牧野由衣 配音）、沉默寡言外冷内热的七子（藤田咲 配音），除了昂外，帮助普勒阿得斯星人的还有另外四名女孩。可是，这五个人凑在一起，却总有一种不协调的感觉，究竟是哪里出了问题呢？
又回去魔女幼稚园的小花，为了和升上六年级的DoReMi等人一起上学，使用魔法把自己变成一位12岁女孩。但因为魔法冲击太大导致她的水晶球无法承受而全数粉碎，不过也成功的到了人类世界，并转学到美空小学六年一班，和DoReMi与小桃子同班。因为失去了原来的水晶球，为了让小花再度成为魔女，因此就需要参加魔法升级考试，而DoReMi五人则继续以见习魔女身份从旁指导小花，如果小花通过一级考试，则她们同时也会正式恢复魔女身分。故女王凿下了自己水晶球的一部分，分成5颗水晶球给DoReMi等人。最终，在大家的努力下，经过重重磨难，小花重新成为魔女，而DoReMi等人也小学毕业，向着自己的梦想前进着。
所有活着的人类，都是海里一条巨大的鱼；出生的时候他们从海的此岸出发。他们的生命就像横越大海，有时相遇，有时分开……死的时候，他们便到了岸，各去各的世界。 四十五亿年前，这个星球上，只有一片汪洋大海，和一群古老的大鱼。在与人类世界平行的空间里，生活着一个规规矩矩、遵守秩序的族群，他们为神工作，掌管世界万物运行规律，也掌管人类的灵魂。他们的天空与人类世界的大海相连。他们既不是神，也不是人，他们是“其他人”。 十六岁生日那天，居住在“神之围楼”里的一个名叫椿（季冠霖 配音）的女孩变作一条海豚到人间巡礼，被大海中的一张网困住，一个人类男孩因为救她而落入深海死去。为了报恩，为了让人类男孩复活，她需要在自己的世界里，历经种种困难与阻碍，帮助死后男孩的灵魂——一条拇指那么大的小鱼，成长为一条比鲸更巨大的鱼并回归大海。
