枫（崔嘉宝）不满被逼下嫁喜（廖伟雄），逃婚至上海，投考女军，与教官彦（邵仲衡）相恋，继而结婚。战情日渐激烈，彦与生（林利）上前线作战，失手被日军所俘，彦在战俘营中重遇生父雄（高雄），因其身份，彦得以在日军军队中任职，然实则，彦暗中替国军搜集情报。彦为博取信任，决娶少将吉（朱铁和）之女美佐子为妻。枫以为他已战死，得喜照顾，独力抚养儿子。当美佐子发现枫母子仍在世，为夺彦之爱，誓要杀死二人；另一方面，生为求名利，不惜一切要揭穿彦为国军特工之真正身份。枫与彦，同时面对性命危险，能否化险为夷？
诸葛正我（马德钟 饰）、元十三限（欧锦棠 饰）和天依居（陈锦鸿 饰）是情同手足的同门师兄弟，其中，天依居自知无法在武学上有所造诣，所以退而求其次，开始研究起了奇门遁甲。而诸葛正我和元十三限都是习武的人才，两人水平不分高下，是师门中势均力敌的对手。 令元十三限感到遗憾的是，直到学成下山，他都未能够打败诸葛正我，因此对此格外执着，下山之后，元十三限选择隐居山林精进武艺，并将诸葛正我视为唯一的对手。而诸葛正我则投身于朝廷之中，为国效力。与此同时，一位名叫小静（佘诗曼 饰）的女子走进了两人的生活，令两人之间的矛盾再度升级。
继续展现ICAC如何锲而不舍，打击层出不穷的贪污舞弊罪行，不让繁荣稳定的香港因一小撮人而负上沉重的代价。《廉政行动二○○四》分为五个单元剧，分别是由贩卖外国护照改编的“终极斗智”、由解款车走私案改编的“不一样的赌注”、改编自首宗因身为公职人员行为不当而犯罪的“以权谋私”、廉署同一时间调查两宗涉及税务贪污案件的“猎户天龙”，以及综合所有公营房屋短桩案而成的“短桩”。
