故事发生在民国九年，孝芸（陈美林 饰）的父亲无视她的反对，强行安排她嫁给了权势显赫的童家。然而，一连串怪事开始发生，令人匪夷所思。行踪神秘的二太太离奇死去，管家和家丁也接连惨遭不幸，一股不祥之气笼罩着这座历史悠久的古宅。 众人普遍认为是孝芸给家族带来了不安与恐惧，但童家的少爷童正琦（程韦然 饰）却全力保护她。随着内幕逐渐揭开，孝芸发现几年前发生的戏班大火造成多人死亡，与这个代代相传的家族有着紧密的联系。原来，在这个权贵家族的背后，隐藏着一段让人唏嘘和心碎的爱情故事。
远古时期，恶龙作怪，大禹制服恶龙并将他封印在藏龙涧中，恶龙为了能重见天日，将自己的毕生修为化作三颗龙珠。待封印法力减弱之时，聚集三颗龙珠便可破解封印，重返人间，继续作恶。 历经千年，三颗龙珠中的其中一颗龙珠被荷花池中一荷花精所得，荷花精与守谷之人苍穹有着千年的情节，为了能与苍穹一生一世，荷花答应帮助恶龙找到拥有另外两颗龙珠的人，并设计将他们带回藏龙涧。 一次疑幻疑真的梦境，历川和龙渊置身于奇幻世界，而且两人灵魂进行了互换，都是古装打扮。有人告诉他，只有来到藏龙涧才能得到答案。两人进入藏龙涧内，瞬间恢复了各自正常的状态。 行程中，在刹破与迷离的设计下历川和龙渊来到藏龙涧，恶龙得到了荷花的龙珠，走出藏龙涧，威逼历川和龙渊交出龙珠，但两人不明所以。 荷花警告龙渊，如果离开藏龙涧，将会回到现实中，而她将永远成为植物人。历川为了救龙渊，让荷花互换他们的灵魂。变成龙渊的历川，设计与煞天等妖魔同归于尽，历川的灵魂永远停留在龙渊的身上，躺在医院里，而龙渊变成历川而活着。
《深海巨妖2》承接上一部的精彩剧情，面人爷爷在对抗恶势力的过程中不幸遇难，临终前嘱咐蒋云飞不要再苟且度日迷失自己，势必要帮助大雁战胜幽冥王，结束这样毫无人性的黑暗统治，心系妹妹的王大雁不顾路途凶险执意要前往魔域，蒋云飞为保护大雁一改颓靡不振的状态，最终两人联手冒着生命危险与幽冥王及其手下展开了殊死较量。
社团大哥大华（任达华 饰）通过鸡包（林雪 饰）的安排前去执行非常棘手的社团任务，于是重新召集自己手下最信得过的兄弟阿春（陈小春 饰）、高天（伍允龙 饰）、叉烧（张兆辉 饰）、超人（梁烈唯）以及自己的女儿（邱意浓 饰）一同重出江湖，不料在执行任务时，却一次次失败，遭遇社团和警方的双重围剿，兄弟几人不得不拨开重重迷雾，抓出内鬼，找出真相……
