《海底小纵队第九季》讲述了一群可爱小动物组成的海底探险小队的故事。他们居住在神秘基地——章鱼堡，随时准备出发去解决海底、陆地、空中的险情、排除可能发生的危险。小纵队成员们以巴克队长为领导核心，集结呱唧、皮医生、达西西、章教授、西瓦、巴德等团队成员在全球各地完成“探险、拯救、保护”的使命。他们足智多谋，各怀绝技，齐心协力，时刻准备克服险情，排除危机，为各种各样真实存在的陆地及海洋生物提供帮助与救援。
遥远的，遥远的，时空的彼方。 宇宙里有一群自称为“黄金一族”的人。 创造星群、拥有预知未来能力的他们，向其他还没有成熟的种族发出了呼唤：“启程吧！从自己的母星，到宇宙去……”。 三个种族回应了他们的呼唤。 黄金族把他们分别称为：白银族、青铜族、英雄族。 当黄金族决定离开这个宇宙，到另一个宇宙去时，出现了新的回应者——靠着自己的力量冲出宇宙的第四种族——人类。 黄金族把他们称为“黑铁族”。
小早川流风和流水本来是一对感情很好的双胞胎，而且她们都爱上了田径队的当麻克之学长，可是克之却选择了妹妹流风. 在一次田径队举行的外出旅行中,流风一行人为了避雨而进入了一个山洞, 但是,山洞是一座古墓! 大家闻了其中的气体便一一倒下了。当流风苏醒时却发现只有自己和姐姐流水活了下来, 而且流水的行为变得异常诡异! 原来她们都中了古墓中的病毒，拥有了能自由漂浮和穿越物体的超能力，且能力在月圆时最强。流水与流风感染了两种截然相反的病毒，感染了流水病毒的人会丧失意志成为流水的傀儡，而流风的血可以让他们恢复正常。病毒让流水性情大变，出于嫉妒她坦言流风要让出克之之类的话, 并一次一次的迫害流风。由于流风也有同样的能力, 在紧要关头都能化险为夷。 得知真相的克之打算帮助姐妹俩恢复正常, 丧心病狂的流水却将克之的父母兄弟无情的杀害。流风约流水进行决斗,克之赶来,为化解姐妹俩的仇恨,克之甘愿被流水杀死,在最后关头,流水依旧无法下手,而独自离开...
