故事发生在明朝万历年间，德高望重受人敬仰的楚留香（朱孝天 饰）来到云来客栈，寻找天下第一美女鱼尺素，同在客栈的还有身为各门派帮主的左又铮、西门千，以及龟兹王爷扎木合等人。灾难忽然降临，客栈的一干人等均因为中了“天一神水”的毒而不治身亡。神水宫的宫南燕指认楚留香是幕后黑手。为了洗清身上的不白之冤，为鱼尺素报仇，楚留香开始调查事件的真相。 在此过程中，楚留香结识了同样想替父亲札木合报仇的苏蓉蓉（胡静 饰），在联手寻找线索的过程之中，苏蓉蓉渐渐倾心于风流倜傥的楚留香，然而楚留香心中爱慕的却是琳娘（秋瓷炫 饰），殊不知琳娘在她侠骨柔情的背后隐藏了一个惊人的秘密。
一段时间内，社会上接连发生手段极其残忍的连环杀人案。凶手不仅下手无情，更气焰嚣张地在现场留下“死亡通知单”。警方被自称“暗黑者”的罪犯所惹怒，于是迅速成立了专案组，并由严肃古板的韩灏（李岷城 饰）担任专案组组长。在此之后，智商极高但人品极差的犯罪学罗飞（郭京飞 饰）、高贵冷艳而口舌伶俐的心里学专家穆剑云（甘露 饰）、被称为“警界耻辱”帅哥痕迹学专家尹剑（经超 饰）、哥特style法医梁音（李倩 饰）、电脑高手曾日华（宿丹 饰）以及腿脚比大脑先行的恐怖刑警熊原（王菁 饰）相继进组。 这群性格十足、别扭非常的警界奇葩，将与狡猾的罪犯展开连番高智商的较量……
剧中青树经历了四次感情，三次婚姻。第一次的婚姻自然是青树最爱的男人，但他为保护胡杨林牺牲了；第二次的婚姻纯属是一次报复的行为，因为怀疑对方是自己的杀夫仇人所以以身查案，水落石出后，她的这个行为深深地伤害了这个深爱自己男人，结婚的当天黯然离开；第三次为了母亲嫁给了一个发小，从哥哥过渡到丈夫，青树不断地审问自己的内心是否有爱情的种子，最终二人依然未成正果。
傅青云（刘德华 饰）和慕容白（吴启华 饰）是武当派弟子，在师父无尘子的命令下，两人来到魔域想要替武林铲除后患，但很快，傅青云便发现魔域实则是一片充满了平静和安宁的世外桃源，对武林根本没有威胁，不仅如此，他还邂逅了魔域首领傅千山（石坚 饰）的女儿唐琪（赵雅芝 饰），坠入了情网，起了留在魔域生活的念头。 然而慕容白却一心想要完成使命，不惜在魔域众人同各派武林人士之间挑拨离间，最终引发大战，魔域不复存在，唐琪亦下落不明。慕容白和无尘子为了争夺掌门之位争得你死我活，虽然傅青云出手相救，却还是未能挽回无尘子的性命，临死前，无尘子告诉了傅青云一个惊人的秘密，那就是傅青云竟然是傅千山的儿子。
产科医生王甫芬（张家辉 饰）天资聪慧，但又傲慢自负，对于女友死在他怀中，而自己却束手无策他始终心存愧疚。八年前，他与心内科医生齐百恒（林峯 饰）一块远赴非洲执行援外仼务，亲眼目睹了人类在大自然中生存的韧性，援外的八年中，他的人生观发生了巨大改变。回港后，他不再为名利所累，一切以病人为中心，在慈善家的资助下，开设了龙城医疗中心，专心致志为病人服务。百恒初入龙城，他十分惊诧甫芬的工作作风，甫芬为病人治疗不惧踏医学雷区，不按常理出牌，但往往效果出人意料的好，久而久之，近朱者赤，百恒被其人道主义精神所感染，更被甫芬“即医病又医心” 的品德所感动......
清康熙年间，一场‘拳倾天下’武术大赛上，代表满人的鳌飞﹝郭政鸿﹞与代表汉人的谭天﹝元华﹞势均力敌，惜天于比赛时遭人陷害而惨败，其父气愤过度吐血而死，天成众矢之的，变得懦弱悲观。为完成父之心愿，天开办武馆寻找传人，先后收京城捕快马不平﹝魏骏杰﹞及孤儿罗喜﹝唐文龙﹞为徒。两人后来更与天之妹谭雪﹝吴文忻﹞展开一段微妙的三角关系。 飞一直对天有所顾忌，得知他已得传人，遂命令好友平暗杀天。平不忍下手，故意将事情张扬，引起了康熙的关注。飞见事败，对平多番加害，又揭发喜为满人之身份，使其黯然离开天。飞结识汉族女子朱震南﹝梁琤﹞，两人互生情愫，并发展一段地下情。南为飞不惜与父决裂，助其暗杀朝中敌人，惜事败被擒，飞为求自保，竟然痛下毒手....
