为了夺取主人公等所在的宫国所持有的珍贵引擎，邻国开始了日益激烈的侵略。为了迎击敌国，宫国被迫将仪式用复座式飞行艇“Simoun”改造成了战斗用战舰。还需要未性别化的“巫女”被派遣担任驾驶员，于是，她们成为了被称为“coru”的战斗小队成员。 操纵“Simoun”的少数少女被称为了“Simoun·シヴュラ（西贝拉）”因为拥有着特殊能力，她们可以选择自己成为大人的时间。但是因为战争的爆发，她们的优秀才能不得不运用在“Simoun”的操作上，换句话说，她们被强迫保持在了“少女阶段”……
《游击神兵》主要讲述了抗日战争时期，华北平原上一座偏僻的山村有三个善良可爱、机智勇敢的孩子：小龙、小凤和大虎。在八路军游击队队长林东的指导启发，以及在武功高强却深藏不露的金大宝的协助下，他们三人组成少年游击特工队，保护村民、营救被捕伤员、护送情报员、配合八路军大部队粉碎敌人的多次扫荡，与敌人展开了惊心动魄的较量，谱写出一部中华少年英勇抗战的传奇故事。
