灾变纪元，人类靠机甲对抗噬铁兽，机械亲和度决定一切。林风因F级亲和度被血狼战队抛弃，濒死时意外激活机械神豪系统，从此逆袭。他坐拥S级机甲军团，开起风暴维修站，以超导电池、定制机甲等黑科技横扫末世，不仅赚得海量晶源，更凭实力碾压昔日仇敌雷烈兄弟。面对兽潮危机与各方势力觊觎，林风一边升级系统、打造深渊级机甲，一边守护文明火种，从被唾弃的废柴，一步步成为掌控末世机甲帝国的绝对王者。
令人感到十分讽刺的是，假面骑士灭亡迅雷再次成为了人类的敌人。 哉亚日本公司发生了大规模爆炸事件，而罪魁祸首竟然是灭亡迅雷站？面对新闻发布会上记者的质问，刃唯阿表示暂不做任何回应。上级也在不断施压，假面骑士巴尔坎（不破谏）与假面骑士瓦尔基里（刃唯阿）不得不做出抉择。 理解人类和修码吉亚两方立场的不破谏与刃唯阿，都有各自的坚持，是为了守护所有生命而战？还是为了自己的规则而战？ 他们与假面骑士灭亡迅雷之间的战斗究竟结果如何——！？
