在这个远离了与神秘异形敌人“塞壬”残酷交战的和平母港学园里，集结了来自各大阵营、性格各异且各具魅力的舰船少女们。故事依然以玩家们最熟悉的“御四家”——活泼元气的标枪、内向沉稳的绫波、贪睡慵懒的拉菲以及认真严谨的班长Z23为绝对核心。在全新的第二季中，母港的日常生活变得更加热闹非凡！从惊险刺激的“现实生活是神作游戏”联机大作战、笑料百出的海边高能烧烤，到全员ワイワイ（喧闹）的母港夏日大庆典、以及充满突发事件的开心的游乐园大冒险。
灵州九国由天子掌管，已历千余年。灵州地脉善生玄气，被天下方士视为修行法源，并衍生出玄术法门。八大诸侯则各领一方国士，拱卫天子。此时帝霈为第八代天子，依照天权统御九国，手中藏有上古神明传下的玄机法卷。 盛元十一年，灵州祖脉扶桑树无故枯萎，天子暴政也令天下动荡不安，最终八大诸侯组成联军掀起“九郢之乱”，推翻帝霈，火烧望帝城，九国分裂，各生壮心，但各方诸侯制衡，皆不敢擅自为主，只得推选皇族帝浚登位，实则为傀儡王权，但也因此，望帝城反成自由之土，列国皆可自由出入。 自此天下大乱，群侯明争暗斗，神秘教派“天机教”趁机崛起，欲有所作为。而天下纷争，方士学派各立门户，依附于八大诸侯及皇权，割据之乱愈演愈烈，但因玄兵灭国之术九国皆同，势均力敌，一时之间并未有灭国大战，直到一个方士弟子的觉醒，竟掀起一场更大的风波…… 少年侠客玄奇在调查一宗江湖奇案时，意外结识木瑄、风灵玥、丹朱等少年英侠 ，几人不同的命运交织，偶然解开了灵州大陆上古遗留的文明之谜，并共同踏上寻找灵州列国动荡源头之途。
大学一年级学生·都仓碧因机缘巧合而来到咖啡厅“Rainy Color”打工。在那里他遇到了冷淡的帅哥岩濑启一、举止轻率的樱木凉太、温柔又是女性杀手的老板古贺紫苑、以及过于自由奔放的店主天见浩司。这是在“Rainy Color”展开的真心喜剧！
