这是一个开心球的世界，在这个世界有着许许多多神奇不可思议的东西。在这里生活着许许多多的开心球们，有善实践的科学家平博士、有知识渊博的鹿教授、还有天真活泼的兔小跳和可爱善良的猬小弟等等。他们一起斗智斗勇、嬉戏打闹，一起坐着平飞船去探讨世界和宇宙中的未知奥秘，小到微观世界的原子大到宇宙大爆发。没有它们做不到的，只有它们想不到：从生物学到物理学，从万有引力再到宇宙混乱论...平博士它们总能通过亲身实践把枯燥乏味的诺贝尔科学知识变得生动并且有趣易懂。
令人感到十分讽刺的是，假面骑士灭亡迅雷再次成为了人类的敌人。 哉亚日本公司发生了大规模爆炸事件，而罪魁祸首竟然是灭亡迅雷站？面对新闻发布会上记者的质问，刃唯阿表示暂不做任何回应。上级也在不断施压，假面骑士巴尔坎（不破谏）与假面骑士瓦尔基里（刃唯阿）不得不做出抉择。 理解人类和修码吉亚两方立场的不破谏与刃唯阿，都有各自的坚持，是为了守护所有生命而战？还是为了自己的规则而战？ 他们与假面骑士灭亡迅雷之间的战斗究竟结果如何——！？
全人类被神奇的现象一瞬间石化后过了几千年—— 拥有超人般头脑、天生的科学少年·千空苏醒了。 在文明遭到毁灭的石之世界（STONE WORLD）里，千空决定要用科学的力量复原整个世界。而与此同时苏醒过来的有，以有着过人体力的儿时玩伴·大木大树为首的伙伴们，从零开始创造文明—— 从石器时代到现代文明，绝对要赶上这科学史的200万年差距！ 前所未闻的创世冒险谭，就此开幕！
