事舞台为现代的日本，政府成立了“国立半藏学院”来培养“善忍”来对抗政治家与大企业雇佣的“恶忍”。主角为“国立半藏学院”的五位华丽多姿（欧派很大）的 穿着并不像忍者的女忍者：飞鸟、斑鸠、葛城、柳生、云雀，宿敌为被称为“秘立蛇女学园”的以焰为首的“恶忍”五人组:焰、咏、日影、未来、春花。
王胜于现代世界醒来，曾与之相伴的人依稀仍在左右，这究竟是一场梦，还是另一场天大的阴谋？
一名有沟通障碍，却被众人称为救世主的内向少年，驾驶一架具备自主意识的大型机器人，跟随宇宙战舰离开地球，踏上消灭银河怪兽的旅程。不料却在最终决战时意外落败，当下大型机器人决定启动自爆机能，并利用逃生舱将少年送回地球。只不过当少年平安抵达地球后，映入眼中的竟是一片雪白、毫无生机的结冻地球……
