在与暗之科学王国的战斗之后，千空一行人以让史丹利等人占领珀耳修斯号为代价，成功捕获了杰诺。为了躲避猛烈追击，千空一行人以石化光线发源地南美为目标启程！ 千空与杰诺决定短暂联手，结合彼此的知识，共同逼近那令人憎恶的「光」的真相！ 为了拯救人类的未来，千空将与伙伴们携手，全力开拓属于他们的「科学之道」！！
偶遇到神秘少年“海”（石桥阳彩配）和“空”（浦上晟周配）的这个炎炎夏天，是琉花（芦田爱菜配）暑期的正式开始。天真无邪的“海”，看透一切的“空”，海洋馆里发光的鱼群，对琉花来说都像是一场浪漫的约定如期而至。
派（小弗雷迪·普林兹 Freddie Prinze Jr. 配音）是一条看上去非常不起眼的小鱼，可实际上，他出身于波斯顿最高海军部队。在一场事故中，派不幸的失去了父母，悲伤的他不愿意再留在伤心地，于是决定只身一人前往加勒比海岸。 在旅行的途中，派结识了超级模特科德莉亚（埃文·蕾切尔·伍德 Evan Rachel Wood 配音），两条小鱼很快就看对了眼，走到了一起。然而，当地著名的混混沙克（布莱斯·贝克汉姆 Brice Beckham 配音）一直非常想要得到科德莉亚，即便她已经名花有主，但是沙克还是不断的骚扰着她。派怎能对此坐视不管？即便对方是一条让他感到非常恐惧的鲨鱼，派还是勇敢的向沙克发起了挑战。
