在火星发现的神秘箱子――“潘多拉魔盒”打开的瞬间，巨大的墙壁突然出现！故事由此开始。被称为“天空之墙”的墙壁把日本列岛分割为三部分，并由此诞生了各自的首都「东都」「西都」「北都」。 其中在“东都”有被称为Smash的未确认生命体出现并暗中把人类逼入绝境。挡在Smash面前而出现的，是一位青年，其腰上戴着腰带、 手上握着不可思议的瓶子 。「变身！」―― 青年天才物理学者变身为假面骑士Build，阻挡在Smash的面前！
五帝之一青帝封印青麟木，但封印不稳，每隔一段时间就会产生裂隙，狐族为了报答青帝恩德，自愿留下守护青麟木。黑帝封印解除后，瞳洸成长为一个娇俏的少女，她担负起姐姐的职责成为玄水教祭司，以前那个只会依赖别人的小女孩渐渐成长，变得坚强独立起来。而在玄水祭坛上，玄极从黑衣人身上发现了一股熟悉的气息，那气息和自己有着千丝万缕的联系，似乎是一位故人……黑衣人究竟会是谁？
