故事发生在私立高藤学园的校园中，这一年，童年好友大岛祐树（中村悠一 配音）和住吉千里（中村绘里子 配音）共同升上了二年级。作为在校学生，课后的社团活动是校园生活必不可少的一部分，祐树和千里伙同同学木场冬美（水桥香织 配音）一同组织了“食品研究部”。说是研究部，其实不过就 是大家在一起分享美味的零食，但这简单的活动带给了女孩子们无比美好的课后时光。 不幸的是，研究部最大的敌人东云皐月（浅川悠 配音）发出了“解散没有实际成绩的社团”的宣言，而他本人很可能即将当选学生自治会的会长。为了保护心爱的社团，女孩子们决定以竞争对手的身份加入竞选，一场轰轰烈烈的社团保护战开始了。
東京奪還編、開戦。 謎の少年・スティグマ率いる“アマラリルク”との戦いを経て少し成長したシャイ。 日本に戻ってきた彼女が出会ったのは、忍者の里から家出中という少女・天王寺曖だった。 彼女は“アマラリルク”の一員を追って里を出てきたとシャイに告げる。 そんな中、東京が突如黒球に包まれて消失する事件が発生。ヒーローたちは東京を救出するため出動するーー。
