为了整理外婆的遗物，主人公鹰原羽依里在暑假独自来到了鸟白岛。 走下一天只有几趟的渡轮，他遇见了一位少女。她任凭海风吹拂着发丝，只是眺望着……那水天相接的边境。回过神来，那位少女不知已经去往何方。羽依里似乎有些怅然若失，但他还是向外婆家走去。 有一位羽依里的小姨住在外婆家，她已经开始在那里整理遗物了。羽依里帮忙整理着充满着外婆回忆的遗物时，也逐渐适应了初来乍到时让他无所适从的“岛上的生活”。 在都市生活中无法体会到的，与大自然的邂逅。这样的岛上生活，能让他想起曾经遗忘的，值得怀念的点点滴滴。 与眺望着大海的少女相遇。 与迫寻奇幻蝴蝶的少女相遇。 与寻找回亿和海盗船的少女相遇。 与住在宁静灯塔的少女相遇。 在岛上结识了新伙伴——曾经想着，如果这个暑假永远不会结束就好了。
拥有大量资产的神户家少爷大助前往赴任之处， 是仅会接收在警视厅引发问题之人的 「现代犯罪对策本部准备室」，通称「现对本部」。 大助在那里与重视人情的男人·加藤春组成了搭档。 面对连人命都以价钱衡量的大助，加藤以「世上并非只有金钱」加以反驳。 而各种各样的事件和谜团，阻挡在这对立的2人面前。 超越常识的搜查现在开始——！
一场火灾烧掉了初中男生南云孝士（山田美铃 配音）赖以生存的公寓，再加上父亲不知所踪，落魄到极致的南云在偌大的城市里漫无目的的行走着，最终晕倒在了街头。幸运的是，南云得到了女大学生和知米涅儿（高桥智秋 配音）的帮助，她提议让南云到她所就读的学校的大学生宿舍，担任社管的职务，这样南云不仅能够找到住处，还能够工作养活自己。 就这样，南云开始了他的女生宿舍舍管的生活，并且认识了超纯情少女早乙女亚典娜（七濑彩夏 配音）、大大咧咧非常男孩子气的战咲基丽耶（村井理沙子 配音）和电波少女八月朔日赛勒涅（夜道雪 配音）等非常可爱的女孩子们。
