在经过了「女皇之刃 流浪的戰士」以及「女皇之刃 王位的繼承者」，第三季的动画已确定为「女皇之刃 叛乱」，这次的故事可是建基于「女皇之刃」原作的第二系列第一作「叛乱的骑士姬」，所以这次的主角将会是由骑士公主安妮洛特担任。第三季的故事将讲述在前二季动画中，经过前所未有的激烈战斗后第三十届「QUEEN’S BLADE」最终结束。 前任女王，逢魔女王阿尔德拉被打败了，新一任的女王由雷云之将克劳迪特上任。 本身被公认是人格高尚的克劳迪特成为女王之后却性格大变，让整个大陆陷于战火的地狱之中。为了对抗这暴君的暴政及抹去人民的絶望，骑士公主安妮洛特便展开行动，与跟自己结成义姐妹的美斗士一起，扬起叛乱军的正义旗帜。安妮洛特与克劳迪特的战斗就此不可避免地终将展开，喜欢「女皇之刃」系列的大家又可以一睹众美少女战士的英姿了。
这是一个充满了混乱的世界，普通的警察已经无法应对发生在此的骚乱和危机，因此，一种名为“武侦”的职业应远而生，从业人员可以在法律所界定的范围内通过任何手段包括武力来解决麻烦。武侦高中便是专门为培养此类人才而设立的专科学校。 远山金次（间岛淳司 配音）是武侦高中里的一名平凡男生，他就读于侦查科，成绩属于最低等的“E”级。然而，金次有着不为人知的特殊能力，那就是在亢奋状态下，他的所有能力都会以30倍的数值快速增加，这种能力曾经为金次惹过不少的麻烦，因此他宁愿将其隐藏起来，做一个不起眼的普通人。一场突如其来的爆炸让金次结识了名为亚里亚（钉宫理惠 配音）的超强少女，金次的命运因为这次相遇而发生了翻天覆地的变化。
故事发生在圣米海洛夫学园之中，亚历山大（三瓶由布子 配音）是一位脸上有着十字架形圣痕的俄国少年，某日，他同名为织部真冬（藤村步 配音）的平凡少女相遇了。亚历山大背负着沉重的过去，他的姐姐被黄金炼金术师残忍杀害，复仇成为了亚历山大唯一的信念。在亚历山大的带领之下，织部真冬被卷入了炼金术师之间的激烈战斗之中，而她的命运将就此改变。 温柔善良的山边灯（丰崎爱生 配音）、害羞内向沉默寡言的泰蕾莎（茅原实里 配音）、个性高傲骄纵蛮横的千金大小姐辻堂美由梨（川澄绫子 配音），在学园之中，存在着的是这些活泼可爱个性迥异的女生们。亚历山大的到来又会带给她们怎样的意外呢？
被孤儿院赶出、濒临饿死边缘的少年中岛敦与一群风格奇异的男人们相遇了。
