所谓的“除妖”，即是把由于某些缘由而从原本应在的“隐世”来到“现世”停留的妖怪们送回“隐世”这一工作。某天，被妖怪附体的高中生·芦屋花绘，依靠偶然发现的联络方式，来到了专门除妖的物怪庵，在那里的是一脸不高兴的店主安倍晴斋。由于某些缘故，芦屋就这样以物怪庵奉公人的身份开始工作……安倍与芦屋的除妖组合和妖怪们的物语就此开幕。
統合暦2099年――新宿市。 究極の発展を遂げた未来都市に、 伝説の魔王・ベルトールは再臨した。 巨大都市国家の輝かしい繁栄と ……その裏に隠された凄惨な“闇”。 新たな世界を支配すべく、 魔王は未来を躍動する！ 第33回ファンタジア大賞 ――異次元の《大賞》受賞作、 遂にアニメ化決定！
原是生驹屋少主的山冈百介（关俊彦 配音），因着迷于奇闻怪谈而放弃了祖业，成为一个云游四方的作家，收集各种怪谈故事撰写《巷说百物语》。在一个雨夜，他遇到了一个神秘的三人组：擅长骗术的御行师——又市先生（中尾隆圣 配音），擅长操纵玩偶的傀儡师——阿银小姐（小林沙苗 配音）以及擅长鸟寄的模仿师——长耳先生（若本规夫 配音）。他们行踪飘忽，随时出现又随时消失，他们现身之处往往流传着神秘诡异的灵异事件。因缘巧合之下，百介跟随他们进入了黑暗世界中，见证了一系列诡异的事件。而这些怪谈故事，也就为他撰写《百物语》提供了素材。 百介所经历的种种事件中，里面的“鬼怪”往往是日常生活中扭曲的人性所变成的。三人组用他们独有的手段将那些人性罪恶暴露于人前。
