明朝熹宗年间，宦官魏忠贤心怀叵测，图谋陷害忠良。东林党人顾宪成等义士心系国家，欲将“羊皮密卷”呈交熹宗，但未能如愿。在此期间，诸多忠良遭到魏忠贤的残害，唯有顾宪成的小女儿小云，带着“羊皮密卷”，勇敢地逃往山野，寻求庇护。小云来到钱家寻求庇护，然而钱员外贪婪欲利，想向东厂告密。幸好，小云得到了幼女玲玲和小胖的帮助，逃出生天。一位神秘的道士名为“不知道人”飞身将小云救走，并夺回了被钱员外夺取的“羊皮密卷”，将小云藏匿在一废弃的庙宇中。 在庙中，小云结识了一名小乞丐石头，并与他一同混迹市井，寻找其他忠良后代。他们在旅途中结识了顽童小豆子和鼻涕虫。在困境中，一位野道士通过“飞叶传书”秘密引导他们前往少林寺寻求庇护。抵达寺门前，他们与另一名忠良遗孤高天鹏相遇。少林寺慈悲收留这些孩子，并交给青草大师带领。一天，小云随至善出外学习剑法，却被魏忠贤的手下认出，并陷入了激战。幸得神秘道士相助，击退了杀手。消息传来，魏忠贤下令围攻少林寺。青草大师和至善护送孩子们离开寺庙，而寺庙的方丈被捕作人质。为了解救方丈，小云私下下山，却陷入了重重围困之中。在生死关头，道士、笑痴僧、青青和苗苗等人赶来相助。然而，道士不幸战死，而小云也中了毒箭，最终跌入井中殒命。
在盗宝的事情被曝光后，孙殿英想要尽快处置这些珍宝，他决定让张厚歧通过青岛将这些珍宝拍卖到日本。然而，这个计划被朱绶光发现，他派出了刘清林在青岛抓走张厚歧。孙殿英得知此事后，怕珠宝落入他人手中，派出所谓的“手枪连”去营救张厚歧，由此促使一场枪战发生。 尽管珠宝最终被手枪连成功夺回，但是张厚歧在混乱中丧生，刘清林也身受重伤。面对事态的发展，孙殿英派出他的助手谭温江在北平的新闻发布会上宣称盗墓者是土匪，试图混淆视听。一怒之下，朱绶光抓捕了谭温江并且对他施加酷刑以获取珠宝的下落。这时，第六集团军司令徐源泉开始干预，他由于受到孙殿英的坚持求助，就向朱绶光提出了人员请求，同时派兵干扰平津。这一切的背后，是刘清林的弟弟刘清森报复的行动。
四大家族之一的金虎堡堡主在一次押镖途中，被四名蒙面和尚劫杀。叶青花被怀疑与此案有关，游侠雷迅助友洗脱嫌疑，竟卷入奇案，三闯少林找出四名和尚，当众伏法，以为真相大白；岂料，四名和尚又到处杀人，雷迅才知道被人利用，引发连场打斗。
