本作是为了纪念在1996年起开始的《游戏王》系列漫画连载二十周年所推出的动画电影。 在跨越无数的试练后，武藤游戏与身体内的另一人格“暗游戏”进行最终决战并获胜，在作出正式诀别后踏上各自的旅途。 在经历一段时间后，游戏等人重新回归平凡的生活。然而，一名自称蓝神的神秘少年却出现在他们的眼前。另一方面，将暗游戏视为劲敌的海马濑人，在暗游戏消失的地方发掘“千年积木”并打算将其重新完成，试图再度复活暗游戏。
拥有龙珠雷达的少女布玛为了收集传说中的七龙珠来到山里并结识了13岁的少年孙悟空。
被外星人控制的恐龙王对地球发起了攻击，迷你特工队在强大的力量面前屡屡挫败，关键时刻，曾经与恐龙王有着深厚友谊的少年——杨能否重新唤起恐龙王的记忆，一起来对抗外星人。
