在火星发现的神秘箱子――“潘多拉魔盒”打开的瞬间，巨大的墙壁突然出现！故事由此开始。被称为“天空之墙”的墙壁把日本列岛分割为三部分，并由此诞生了各自的首都「东都」「西都」「北都」。 其中在“东都”有被称为Smash的未确认生命体出现并暗中把人类逼入绝境。挡在Smash面前而出现的，是一位青年，其腰上戴着腰带、 手上握着不可思议的瓶子 。「变身！」―― 青年天才物理学者变身为假面骑士Build，阻挡在Smash的面前！
五帝之一青帝封印青麟木，但封印不稳，每隔一段时间就会产生裂隙，狐族为了报答青帝恩德，自愿留下守护青麟木。黑帝封印解除后，瞳洸成长为一个娇俏的少女，她担负起姐姐的职责成为玄水教祭司，以前那个只会依赖别人的小女孩渐渐成长，变得坚强独立起来。而在玄水祭坛上，玄极从黑衣人身上发现了一股熟悉的气息，那气息和自己有着千丝万缕的联系，似乎是一位故人……黑衣人究竟会是谁？
2050年。由于在父亲创立的制造公司·Rebuild社对“自律机械DZ”的开发做出了贡献， 因而年纪轻轻就赢得了名声的技术人员德里达·伊万（主人公）。 有一次，德里达与同僚内桑注意到了“DZ”的重大缺陷， 但上司却完全不听从忠告，对此感到恼火的他在知道危险的情况下仍然拖延应对， 并前去参加内桑的爱女·玛吉的生日派对。 但，在度过了一时平稳之后的第二天，德里达和内桑遭到神秘部队的袭击。 在出逃的最后，落入冷冻睡眠装置的德里达再次睁开眼时， 时间已经过了10年，放眼望去的世界早已荒废，陷入了战争状态！ 就在遭到失控的“DZ”群的袭击，即将放弃一切的时候， 德里达回想起了内桑临终的话语。 “玛吉就拜托你了” 即使对降临到自己身上的命运感到困惑，但为了寻找玛吉，德里达仍然向前迈进。 重逢，超越了“时间”—— 这是，思念踏上旅途的故事。
