《金龟子》动画大电影从一个乐天派的昆虫——金龟子的冒险旅程展开讲述，它生活在一所珍稀昆虫研究中心“人造丛林”的虫箱里，过着简单快乐的生活。直到有一天，一只外来的蜻蜓水哥打破了这份平静……水哥向金龟子描述了虫箱外的世界，金龟子心向往之，它决定挣脱虫箱的束缚。但是虫箱外的世界真的像金龟子和朋友们想象得那般美好吗？传说中的“黄金大峡谷”真的存在吗？在那个崭新而又充满未知的世界里，金龟子和它的朋友们会历经怎样的一番奇遇呢？一段惊险又有趣的冒险旅程就此开始了！
1633年，德川幕府颁布锁国令。在此之后，拥有外国血统的孩子都无一例外受到本土民众的歧视。拥有蓝色双眸的阿水是一名混血儿，母亲为了保护她让她从小隐藏性别，躲在屋中，避免伤害。谁知，阿水的母亲依然没有逃脱戕害的命运。成为孤儿的阿水饱受村里人欺侮，直到某天一枚陨石改变了他（ 她）的命运。阿水帮助锻刀的盲眼老人将陨石运回了家，从此便在老人的家中住下，并且学会了锻刀以及剑法。此去经年，弱不经风的少年成长为翩翩剑客，他辞别老人，带着陨铁打造的武士刀，踏上了向抛弃母亲和自己的男人复仇的道路。 大雪纷飞，许多人的命运将因此改变……
