在人与妖怪之间过着忙碌日子的夏目，偶然与以前的同学结城重逢，由此回忆起了被妖怪缠身的苦涩记忆。此时，夏目认识了在归还名字的妖怪记忆中出现的女性·津村容莉枝。和玲子相识的她，现在和独子椋雄一同过着平稳的生活。夏目通过与他们的交流，心境也变得平和。但这对母子居住的城镇，却似乎潜伏着神秘的妖怪。在调查此事归来后，寄生于猫咪老师身体的“妖之种”，在藤原家的庭院中，一夜之间就长成树结出果实。而吃掉了与自己形状相似果实的猫咪老师，竟然分裂成了3个——！？
春去秋来，枯黄的树叶纷纷落下。面堂家的大小姐了子斜倚床头，心中满是无限的惆怅与落寞。此时她灵光突现，向小兰、龙之介、、拉姆、阿忍以及所有她所有认识的女性好友发出邀请，请大家来她的家中参加茶会，联络感情。在茶会上，了子回忆起第一次坐着牛车去学校给哥哥送便当的情景，也回顾了圣诞夜比赛爬圣诞树的那场热闹狂欢。了子希望更加了解这群朋友，以此为机缘，阿忍谈论了与小狐狸认识的过往以及她们的友情，龙之介则回忆了和父亲、朋友间的点点滴滴，拉姆则帮小天讲述了他妈妈来地球看儿子的旧事。每个人都有每个人的故事，以及她们难以忘怀的珍贵回忆…… 本片根据高桥留美子的同名漫画改编，是该系列动画的OVA版。
故事将衔接TV版第三季结局紫悦(Twilight Sparkle)进化为天角兽(Alicorn)加冕成新公主之后的生活，此时水晶帝国的珍贵王冠被偷窃；为了寻回王冠，紫悦公主将接下重责大任，独自前往另一个平行世界；在那里，紫悦将发现平行世界中的穗龙(Spike)变成了一只狗，而自己则变成了有双手也能双腿站立的人类！身分将改为少女高中生，并重新相遇化身为人类版本的小马朋友们……
以成为神奇宝贝大师为目标，小智（松本梨香 配音）、小刚（うえだゆうじ 配音）和小光（豊口めぐみ 配音）带着各自的神奇宝贝在世界各地进行艰苦的修业之旅，今天他们历经长途跋涉终于来到了风景秀美的米琪亚镇。在当地一对小兄妹的介绍下，小智一行前往神殿遗址游玩。谁知却遭遇了极其危险的情况。关键时刻，掌管时间的迪亚鲁加和守卫神殿的西娜（北乃きい 配音）、凯宾（岸祐二 配音）帮助了他们，能与神奇宝贝心灵沟通的西娜还熄灭了冥王龙的怒火。从西娜口中得知，创造了世界的神奇宝贝即将苏醒，它不仅会使时空扭曲错乱，还将为世界带来毁灭性的灾难…… 本片为神奇宝贝系列第十二部电影剧场版。
