野出租司机雷小军结识校花后的离奇经历。一个野出租屌丝男，意外地得到了校花的青睐，正当两人更近一步时，校花却离奇失踪了……
吴迪（小沈阳 饰）以修鞋为生，最大乐趣就是看武侠漫画《飞剑》。某日，他遇到了修鞋女子月露（林熙蕾 饰），后者是皇上（陈志朋 饰）的表妹，因不愿做皇后，逃之夭夭。皇上派遣大内高手杨过（曾志伟 饰）追杀。吴迪盲打误撞杀了淫贼田扒光，救了月露。为了把鞋还给月露，吴迪前往泰山。途中，吴迪遭遇河盗独孤鸿（赵本山 饰）及其弟子（程野 饰），在世外高人的暗中帮助下，他击退了独孤鸿。老人临别时输给他深厚内力，赠给他一本《九阴真经》，由于他只看图，随手丢在一边。田扒光的神农教同门姐妹粉凤凰和红凤凰找他算账，结果他毫发无损，对方损兵折将。逃避追杀时，他掉进了万丈深渊，却遇到了世外高人的敌人（吴宗宪 饰），好在有惊无险。不过，最终吴迪还是住进了神农教主（恬妞 饰）开的黑店，并遇到了心上人月露……
ある日、沖縄の海に奇怪な生物が現れた。オニヒトデを思わせる「それ」は毒液で漁師を負傷させ、瞬く間に日本全域に広がった。それは伝説のニライカナイの古代文明が環境汚染の解決の為の生体浄化システムとして生み出したが、暴走したために結果としてニライカナイの滅亡の一因となった怪獣ダガーラの復活の前兆であった。 エリアス姉妹は地球の危機を察知して石垣島へ飛ぶと、そこにはニライカナイから来た小生物ゴーゴが出現し、その尾の装飾リングから宝がある事を悟った本土からの密猟者と、ゴーゴを保護した地元の少女たちがいた。エリアス姉妹は「ニライカナイの遺跡にはダガーラを倒す秘宝がある」という伝説を知っていた。少女たちとエリアス姉妹、そして姉妹と対立する黒い妖精ベルベラと密猟者はそれぞれ組んで海へ出る。 ゴーゴの手引きでニライカナイの遺跡であるピラミッドが海から出現した。だが、宝捜しをしている頃、石垣島にダガーラが上陸し暴れ出したため、エリアス姉妹はモスラを召喚して戦いを挑む。ダガーラとモスラは石垣島から西表島まで空中戦を繰り広げ、遺跡のピラミッド付近で海中戦となり、モスラは海での戦いを得意とするダガーラに海に引きずり込まれた。そしてダガーラは「それ」 = 無数のベーレムをモスラに取り付かせ、モスラは戦闘不能に陥った。エリアスは必死にモスラに取り付いたベーレムを剥がそうと試みるが、あまりにも沢山付いているため、全くきりがない。絶体絶命のピンチに陥ったモスラ、宝の発見は急務となった。 遺跡の中のトラップをくぐり抜けた少女たちと密猟者は、辿りついたホールでニライカナイの王女の立体映像から「ゴーゴが宝の主として少女 = 汐里を選んだ」事を告げられる。だが、ダガーラはピラミッドを襲撃してきた! 崩壊するピラミッドの最中、モスラはゴーゴの「命の水」の力により、取り付いたベーレムは取り払われ、さらにレインボーモスラとなってパワーアップし、再びダガーラと再戦する。さっきまでの状況とは一変し、今度はモスラが優位に立った。ダガーラが再び海中に潜った時、モスラはアクアモスラに変身し、戦いの舞台は、海底に移った。ダガーラの攻撃をバリアーでガードし、ダガーラに強力な攻撃を与えるモスラ。さらに分身モードとなり、ダガーラの体内から、ベーレムを倒しながら攻撃し、遂にダガーラは倒れ、その後、ピラミッドと共に消滅。モスラも海から出てきた後、元の姿のレインボーモスラに戻り、インファント島に帰って行き、危機は去ったのであった。
威尼斯，这个古老绵城市，在未来的某一天不幸地被大水侵蚀。政府组织了一支突击队准备进行救援工作，奇怪的是，此次救援工作却成了一次地下战争在地下通道里，发现了一群怪物，更严惩的是突击队员们依个遭到残害，结果， 科学家们在研究中发现，一种奇怪的现象在隐隐地影响着这座城市。就这样，整个城市的人们都面临着危机，和这种奇怪而又可怕的东西展开了激烈的斗争……
