三只熊熊兄弟们因为网络上的名气，以及对大都市的迷恋，他们被迫面对无法预料的混乱，熊熊们不得不展开一场疯狂、危险但又有聚会的冒险之旅，以躲避来自国家野生动物管制局的追捕，于是大大、胖达和白熊一同踏上了前往加拿大的旅程！在旅途中，他们将互相帮忙、渡过种种难关，最重要的是，这趟旅程也将再次证明他们是彼此最好的伙伴。熊熊们是如何相识、又是如何建立起如此亲密的伙伴关系？这一次也将首次揭露当年熊熊们初识的点点滴滴，以及彼此从陌生到熟识的互动过程。
漆黑的夜晚，一名间谍悄然潜入日本警方某机构，盗走了记载着各国谍报机构重要数据的绝密文件的绝密数据。日本警方和FBI探员赤井秀一（池田秀一 配音）旋即与间谍展开追逐。最后，逃亡者的车辆坠落悬崖。第二天，柯南（高山南 配音）和伙伴们来到东都水族馆观光，结果发现一名受伤的美丽女子（天海佑希 配音）。该女子处于失忆状态，身上的手机也破损无法使用。柯南等人答应要帮她恢复记忆，当他们七嘴八舌之际，藏在暗处的黑衣组织成员贝尔摩德（小山茉美 配音）冷冷地注视着这一切。在相处过程中，女子非凡的身手和奇怪的言行举止让灰原哀（林原惠美 配音）对其真实身份产生怀疑。 刚刚还一派祥和的水族馆，沉浸在快乐之中的人们，根本会想到随着那名神秘女子技艺的恢复，自己马上就要被卷入黑暗组织的杀戮和混乱之中……
