一日，致力于研究化学X神秘物质的ユートニウム博士跟助手同时也是他儿子肯发现了一种新物质Z。这种物质发射出一道白光跟一道黑光，在东京城中放出。 这道白光打到了初中一年级生赤堤ももこ、豪徳寺みやこ、松原かおる这3个女孩身上，于是，3个飞天小女警诞生了！！ 与此同时，那道黑光打到了东京动物园里。一座猴子山上的猴子变成了飞天小女警们的宿敌。小女警们将怎样保卫这座城市呢？……
高中女生朝雾彩，在学校中朝雾彩每天被同学欺凌在家中被哥哥虐待，在精神几乎崩溃之时，朝雾彩误打误撞的进入了一个「魔法少女网站」获得了魔法少女的手杖拥有了魔法力量，而在某天彩又被同学欺凌时使出了手杖的力量，同学突然从自己的眼前消失之后，同学出现在了一个远离自己的地方最后凄惨的死去。 而这个魔法少女手杖的能力并非能够无限使用，使用一次使用者的寿命就会减少，当魔法少女手上的纹章完全消失时魔法少女就会死去。 而在故事的设定中一共有 18 个魔法少女网站，有 18 个网站管理人也就是至少存在 18 位魔法少女，尽管女主角圣母属性爆棚因为意外的杀死了同学而负有罪恶感，但有其他魔法少女在抢夺手杖从而引发了魔法少女之间的争斗。
在这个世界上有一群人，他们身体上刻有文字“印”，并可以通过念力将“印”转化为超能力施放出来，这种能力被称为言能，而这群人被称为言能师。唯一能够教授这种能力知识的地方，是有着悠久历史，继承了远古文明的万象学城。每一年万象学城都会举办考试，招收有潜力的言能师进入学城学习，并将他们组建成维护世界和平的警卫力量——千从狩。我们的主人公千从虽是个有印无能的哑炮，却也梦想着成为最强的千从狩，并为此进入学城求学，开启了他的不灭人生。
动画第2季《Fate/kaleid liner》（魔法少女伊莉雅2wei）将是漫画版《Fate/kaleid liner魔法少女伊莉雅2wei》的内容，紧接第一季，继续讲述自回收卡片作战过后数周以来，伊莉雅重返过去的日常生活。然而，既然已经当过魔法少女，麻烦就会如影随形！这次她竟然是被无预警出现的另一个自己追杀!?魔法恐怖(？)故事。第2幕堂堂开演！
