高卢村庄的大祭祀盖塔菲克斯想为自己找一个继任者，并把高卢村庄抵抗外敌入侵的关键法宝神奇药水教给继任者。盖塔菲克斯带着村庄最英勇的战士阿斯特克斯和奥贝里克斯寻访遍历整个高卢寻找合适的继承人。 而与此同时，师出同门的硫磺克斯在消失多年后和入侵者狼狈为奸，暗中掀起一场争夺神奇药水的战争。
持续在世界各地进行修业之旅的小智（松本梨香 配音）、小刚（うえだゆうじ 配音）和小光（豊口めぐみ 配音），历经长途跋涉终于来到了位于山谷丘陵处的目的地阿拉莫斯镇。小镇上耸立着象征时间与空间的时光之塔，新一轮的神奇宝贝竞赛将在塔的下方举行。小智一行走错了路，却由此结识当地的美丽女孩艾丽丝（加藤ローサ 配音）。紧张的战斗与快乐的游玩，却未察觉危险正悄悄逼进。小智遭到噩梦精灵达库莱伊的袭击，虽然达库莱伊被当地所有人讨厌，但是它似乎想将某种危险、恐怖的信息及时传给小智一行，关于时空之塔的秘密即将揭开…… 本片为神奇宝贝系列第十部电影剧场版。
