「超能力開發研究所」突然遭到無數不明生命體的攻擊，研究所已經完全被破壞殆盡。混亂中，原本在研究所中被實驗的超能力者小雷(10歲)與紗綾香(12歲)趁隙逃了出來。數月之後，不明生命體的政擊再度出現，這次的目標竟然是紗綾香，翔一聞訊之後立即變身為假面騎士顎門，與G3-X一同前住救援。突然間，G4出現了，他的出現讓眾人非常驚訝。因為在兩個月前，G4的藍圖被盜，它的力量強大，但是穿戴它的人往往受不了而致命，到底是誰偷走G4後又製造它？不明生命體的攻擊到底來自何方？假面騎士顎門，G3-X，G4與不明生命體之間的戰爭即將開打！！
这部奇幻电影以一家神秘的百货商店为背景，在这家商店里，所有到访的顾客都是动物。主人公秋野是新来的门房。其中，"V.I.A."（Very Important Animals，非常重要的动物）顾客是一种已经灭绝的物种，他们都是独一无二的个体，都有一两个怪癖。无论是想要取悦多年妻子的猫头鹰、为父亲寻找礼物的海貂，还是正在考虑如何向女友求婚的日本狼，秋野都会尽力满足因各种原因光顾北极百货公司的顾客的期望。
一只可怕的大怪兽试图破坏幽灵季，草莓甜心和莓果伙伴必须直面恐惧，解开谜团。
