2044年的纽约，大反派朗格勾结外星恶势力试图毁灭地球，大量外星人通过神秘传送门入侵，将城市化为灰烬。忍者神龟们虽负隅顽抗仍不敌敌人攻势，死伤惨重。怀抱着忍者最强武器——希望，忍者神龟们决定回到过去时空，找到开启传送门的钥匙，阻止朗格，恢复世界和平。莱昂纳多的弟子凯西肩负起这一使命，他在过去时空与女记者艾普奥尼尔成功接头，并和忍者神龟莱昂纳多、米开朗基罗、拉斐尔、多纳泰罗汇合，开启了拯救世界的行动。“我们的未来，我们自己做主”，忍者神龟们向朗格发起了终极挑战。
圣诞之夜，米妮（Russi Taylor 配音）作为嘉年华的明星滑入溜冰场，失望的黛西（Tress MacNeille 配音）想方设法破坏米妮的演出，以显露自己的才华。两个好姐妹反目成仇，展开一场虚荣和自尊的较量；圣诞前夜，三个小外甥捣蛋非常，史高治叔叔（Alan Young 配音）说他们恐怕无法得到圣诞老人的礼物了，他们必须展开行动；已经长大成人的麦斯（Shaun Fleming 配音）将女友带回家中过圣诞节，但老爸古菲（Bill Farmer 配音）的过度热情让他很没面子；佳节来到，小镇居民心中都充满喜悦，但不是所有人都乐享其中，唐老鸭（Tony Anselmo 配音）被无处不在的圣诞歌曲吵得心烦意乱；米奇（Wayne Allwine 配音）正精心布置圣诞房间，他不希望热情的布鲁托出手帮助。可是事与愿违，现场一片混乱，他气得训了布鲁托一顿，内疚的狗狗最终选择出走。
