影片紧接前作结尾，法国贩毒首脑阿伦夏奈尔逍遥法外，多伊前往法国马塞追击。为了躲避法国警方的乾涉，多伊不慎落入阿伦的魔爪，并被强行注入海洛因……
1945年，发生在南海之滨的故事。一群年轻的寡妇，以黎青竹为首，聚集在一起，誓言要为亲人报仇，将日军司令井上岸夫置于死地。与此同时，洲立女子中学的学生傅春芬因为遭到日军的强暴，也决定向敌人展开报复。于是，两支以黎和傅为首的女子游击队各自在山沟里苦练杀敌本领。 在艰苦的训练中，这两支女子游击队逐渐锻炼出顽强的意志和出色的战斗技能。有一天，两队人马不约而同地来到日军驻地，与敌人展开了激烈的厮杀，使得日军遭受了严重的损失。为了对抗这股女子游击队，井上将随军家属和慰安妇组成了一支特殊的队伍，并由金庆花担任队长。他们试图利用女性之间的纷争，企图用女人来战胜女人。
电影分为两个单元。 《桃花传奇》：中原少女西门无恨（杨钧钧 饰）一直对自己的身世耿耿于怀，为了弄清楚事件的真相，她冒充了当年叱咤风云如今早已隐退江湖的楚留香（刘德凯 饰），成功使得退出江湖已久的楚留香再度出山，并且最终发现西门无恨就是他的女儿。 《西门无恨》：曾经，楚留香爱上了麻女圣教的圣女张洁洁（杨钧钧 饰），两人因而遭到了魔火宫的少宫主的追杀。在生下了西门无恨后，张洁洁含恨自尽，西门无恨则被带往了扶桑。西门无恨苦练武功，发誓要为母亲报仇，尽管她成功潜入了麻衣圣教，却不敌邪恶阴险的麻十三（任世官 饰），身陷险境。
八国联军入京，朝廷出奔，举国局势一度混乱。黄飞鸿（赵文卓 饰）与父亲黄麒英（刘询 饰）、十四姨（王静莹 饰）、徒弟梁宽（莫少聪 饰）、鬼脚七（熊欣欣 饰）一行人南下番禹，欲与十三姨（关之琳 饰）、猪肉荣（郑则仕 饰）、牙擦苏（郭晋安 饰）汇合。师徒于路同担心海盗夺粮的南粤米仓发生误会，两帮人不打不相识，黄飞鸿助其将盗米贼扭送衙门，惊觉盗米竟是差役领班谢四（张铁林 饰）指使。原来南海海盗趁局势混乱，活动频繁，使番禹一地早无官员统制，差役不得已靠偷盗维持口粮。黄飞鸿有感谢四等人忠义，遂放弃赴港计划，与当地海盗单眼英、张玉麟、张保仔等人展开连场搏杀…… 本片是徐克执导黄飞鸿系列的第五部。
