1942年，正在抗日战争焦灼之时，日军突袭新四军在北方地区的一处兵工厂，保卫兵工厂的独立团特务连浴血奋战，终因寡不敌众，阵地失守，连长孔圆被俘。孔圆的哥哥孔方是一名大学数学教授，精通数学逻辑分析，曾留学日本，对日军的情况有所了解。在新四军帮助下，孔方和未婚妻——心理学教授向海音混进日军占领区，里应外合，发动反攻，成功救出了弟弟和兵工厂人员并夺回了阵地。本剧取材于黄崖洞兵工厂保卫战以及众多兵工厂事迹，用普通人的事迹展现出一幅各阶层人民联合抗战的生动历史画卷。
走过战争，走过文革，来到了改革开放，关于军队的建设也面临着转型。1978年党的十一届三中全会决定把工作重心放到经济建设上，一只特种作战部队被安排到了改革的前沿经济特区。面对全新的环境和改革的浪潮，这只特种部队从组建、成长到壮大，经过不少挫折和磨难。他们接受过边境轮训、百万大裁军、走精兵之路、特区发展建设和进驻香港准备等多次重大事件，描述了我国部队随着我国经济的发展而发展。 其中以秦子雄（张丰毅 饰）、章大军（尤勇 饰）、慕容秋（于小慧 饰）、闻勇（陈锐 饰）为代表，反应了当代军人面对事业生活爱情的态度。赞颂了当代军人的气魄及其无私奉献的精神。
久居草药寨的板蓝根精怪小蓝（林小宅 饰），意外救下了竟能突破草药寨结界的医官阿九（潘毅鸿 饰），谁知阿九除了是备受敬仰的“九神医”，更有隐藏身份——抓捕草药精怪的上清司统领玖冥。小蓝与阿九意外结为同死同伤的灵配关系，就此展开了一场猫鼠游戏，并由此揭开了二人前世今生的两世牵绊。
