奇幻世界左开山（创界山）众神云集，山分为七层，然罪恶之神多古达统治了这个世界后，其邪恶部众把守左开山各层要地。黑暗降临，连美丽的彩虹也变成了灰色。四年级小学生战部渡（瓦塔诺）在神明的召唤下进入奇幻世界，他操纵着龙神丸与虎王、剑部施巴拉古大师以及忍部火美子（希米格）等好友为恢复左开山的光明，与多古达的暗黑军团展开一连串激烈的战斗。 本片为《魔神英雄传》系列第一部。
千年前的魔界霸主元邪皇顺利复活降临中原，席卷佛国，欲星移承接法海天命，化身第109位大智慧，与缺舟一帆渡一同剑起文殊，奋力诛邪，无奈邪皇魔威赫赫，千年修行的大智慧依旧不敌。 至此，佛劫终止，魔劫再开。 千年之后，再次一统魔世，麾下更有长琴无焰，应龙师等一干高手的元邪皇，即将再为九界掀起杀潮。 痛失师相的太虚海境，狼主回归的苗疆，百废待兴的中原，历经地门波折的佛国，神秘莫测的道域，隐而不出的羽国 分别又将在这场惊天魔灾中走向何方？俏如来，公子开明是否能力挽狂澜？雁王，凰后又是否会趁机再开墨乱？
在第二次新吉恩战争、别名“夏亚的叛乱”终结后，地球圈取得了短暂的和平。 这之后3年，宇宙世纪0096年。在工业殖民地“工业7号”上进行了一项秘密交涉。内容为－－被认为是地球联邦政府暗中操控的“比斯特财团”将把最高机密“拉普拉斯之箱”交给新吉恩的残党军“袖付”。 另一方面，在安纳海姆工业专门学校就读的少年巴纳吉·林克斯遇见了自称为奥黛丽·本的少女（实为旧吉恩公国次男多兹鲁·扎比之女，美耐巴·扎比）奥黛丽为了制止新的战争爆发，必须组织“拉普拉斯之箱”的交易。巴纳吉在数次帮助奥黛丽之后，逐渐被她所吸引。 随后，地球联邦察觉了这起交易，并进行军事介入，工业殖民地随即化为一片火海。巴纳吉和同伴一边避难一边寻找着奥黛丽，而出现在他面前的是比斯特财团的当家卡迪阿斯·比斯特。奄奄一息的卡迪阿斯将出生的秘密告诉了巴纳吉，并且将箱之钥匙－－“机动战士高达独角兽”托付给他。 随后，一场围绕“拉普拉斯之箱”的战争开始了……
表面上看来，索尼娅（田村睦心 配音）是一个扎着双马尾的金发美少女高中生，但实际上，她有着一个秘密的身份——杀手。作为一名杀手，索尼娅有着异常敏锐的神经，任何突然靠近她的生物，都会受到她的强力攻击。少女折部安奈（赤崎千夏 配音）自称是索尼娅的朋友，但似乎没有得到索尼娅的认可。因为其大大咧咧的天然呆个性，安奈经常成为索尼娅本能攻击的受害者。 在无意间，安奈发现，虽然索尼娅是个令人闻风丧胆的杀手，但她在昆虫和妖怪方面却有着意外小的胆量，这也成为了拉近二人关系的重要契机。同时，索尼娅的杀手同事吴织亚切（高部爱 配音），毫无存在感的不知名少女（钉宫理惠 配音）也来到了安奈的身边，杀手和少女们热闹的日常生活展开了。
