小铃（能年玲奈 配音）是一个整日里慢慢腾腾迷迷糊糊的姑娘，最大的爱好就是画画。眼看着到了嫁人的年纪，在父母的安排下，小铃来到了吴市，嫁给了名为北条周作（细谷佳正 配音）的男子，成为了北条家的媳妇。 径子（尾身美词 配音）是周作的姐姐，带着女儿晴美（稻叶菜月 配音）住回了娘家。和贤惠老实的小铃不同，径子性格张扬而泼辣，虽然她常常对唯唯诺诺的小铃感到不满，但两人之间的感情其实十分要好。战争开始了，越来越多的战斗机飞过天空，刺耳的防空警报声常常划破夜晚的宁静，战争的阴影一点一点的覆盖着北条一家人的生活。在一场空袭中，晴美不幸遇难，小铃亦失去了右手再也无法作画，然而，在如此残酷的时局下，一家人依然没有放弃对生存的渴望。
故事发生在东京八丈岛近海，一座将全球各地警方监控相连接的高科技设施——“太平洋浮标”即将启动。为了与欧洲刑警组织管辖的范围联网，来自世界各地的工程师聚集在这里。基于人脸识别的全新“黑科技”也正在测试中…… 与此同时，柯南一行人前往八丈岛观鲸，途中柯南接到冲矢昴（赤井秀一）的电话，被告知欧洲刑警组织成员在德国遭到琴酒的杀害。为调查真相的柯南潜入“太平洋浮标”。正当工程师们正在为系统启动而展开准备工作时，一桩案件突然发生！一名女工程师被黑暗组织绑架，她手中存有核心技术的U盘也落入了黑暗组织手中！ 此时，水下传来未知潜水艇逼近的声音，令人毛骨悚然，一个神秘的黑影也正在悄悄接近灰原哀……
在每一个角落都被探索完毕的世界中，唯一残留的秘境——大洞穴“阿比斯”。 不知道延续到何方，深不见底的巨大纵向洞穴， 栖息着奇妙奇怪的生物们， 沉眠着现在的人类无法制造的贵重遗物。 “阿比斯”那充满了不可思议的姿态吸引了人们，并驱使人们展开冒险。 如此，多次挑战大洞穴的冒险者们， 陆续得到了“探窟家”的名号。 住在建造于阿比斯边缘的城镇“奥斯”的孤儿莉可， 梦想着有朝一日成为母亲那样伟大的探窟家，并解开阿比斯的谜团。 某天，以母亲莱萨的白笛被发现为契机， 莉可决定潜入阿比斯深处。 被莉可捡到的丧失记忆的机器人雷格， 也为了寻找自己的记忆而决定同行。 莉可在深界四层中了穿弹兽的毒。 救了莉可的，是“生骸”娜娜奇。 娜娜奇也成为两人的同伴，三人的冒险向着波多尔多所在的深界五层进发。 在那里，他们遇到了一位自称为普鲁修卡的女孩子……
