濑尾卓也是个不起眼的平凡高一生，但他有个不可告人的小秘密：他是一部适合小女孩观赏的动画「闪亮萌宠」的狂热粉丝。有一天他带着参加抽奖幸运抽中的闪萌橡皮擦到学校，坐在他前面的辣妹．伊地知琴子突然说要借橡皮擦，便顺手抽走他手中的闪萌橡皮擦。想不到另一个走酷帅路线的辣妹．天音庆居然一眼就看出那是闪萌周边，令濑尾忍不住大吃一惊……
死神武器职业专门学校，简称“死武专”。其学生分为“工匠”与“武器”。 据称，收集99个鬼神的灵魂与1个魔女的灵魂，“武器”就会进化成最强的死神武器“DEATH SCYTHE” 以最强的“工匠”为目标的镰刀“工匠”玛嘉与其“武器”SOUL二人，开始了艰辛的试炼。有同样目标的还有暗器“工匠”BLACK STAR与“武器”务椿，和死神之子——死神•德•基德与他的武器双枪姐妹。 三组少男少女成长的故事，伴随着的是“死武专”的危机四伏。神秘的魔女美杜莎心怀鬼胎；死神大人不离开“死武专”寸步，似乎也是为了隐藏天大的秘密。
好不容易进入了大学，想要好好学习出人头地的“完美”男生李清吉，刚一入学就莫名被拐入了一个三流摇滚乐队，队长燕回空有一张帅脸却性格超差，这种颓废的生活根本是浪费青春！但是，他所弹奏的旋律，却唤起了李清吉尘封于心中的回忆……
故事以前作《科学小飞侠Crowds》的后续剧情展开。距离“立川事件”已经过了一年，当初贝尔库·卡切赋予尔乃美家累的力量“CROWDS”在日本首相菅山的推广之下已在人类社会当中广泛普及。然而仍然存在着对此感到不满的人们，此时菅山遭到不明人士的袭击，GATCHAMAN的全新战斗就此揭开序幕。
２０２０年７月１日。高校２年生の水帆は、最悪な１７歳の誕生日を迎えていた。 憧れの先輩に近づくチャンスはなくなるし、親には誕生日をすっかり忘れられているし……。 しかも未知の感染症の流行で、部活の大会や修学旅行も中止になって、「私には“キラキラした青春”なんてない」――そう思っていた。 しかしそんな矢先、幼なじみの輝月（きづき）が、突然、“彼氏候補宣言”をしてきて――。 家族のように育った４人の幼なじみの男の子と、主人公の水帆との恋愛模様を描いた学園青春ストーリー。
某天，高中生横谷家突然来访了一位上门营业的女仆—— 之前的职业是杀手，并且没做过家务活…… 满心疑惑而又无法拒绝的老好人男主感受到她的纯粹，于是接纳了她。 让只影独行在黑暗社会孤独生活的女仆，成为家人的故事开始了……
线上游戏THE NEW GATE，因玩家数众多而热闹至极的虚拟世界突然发生剧变，将人们囚禁在游戏世界中，折磨着他们。 为了打破这种痛苦的现状，身为游戏内最强玩家的一名青年——进决定挺身而出。阻挡在他面前的，是这个世界最强大的敌人“原初”。“结束了……！！！！”在殊死战的最后，进的一刀贯穿了“原初”的身体。回响的系统通知声宣告游戏破关，以及遭到囚禁的玩家们将获得解放。 在人们一个个注销时，进也打算跟着向习以为常的世界告别，然而就在他注销的瞬间，崭新的大门突然开启—— 进受到光芒包覆后，映入他眼帘的竟是……游戏破关500年后的THE NEW GATE世界。 身为最强玩家的青年将在变化为现实的游戏世界中，缔造出全新的传说。
故事发生在某个未来 人类遭到未知机械生命体「Vice」的攻击，乘上大型移民船流亡宇宙 你必须带领能穿着特殊武装「Alice Gear」的少女「Actress」们对抗持续来犯的敌人 为拯救人类而战吧！
