故事发生在箱庭学园，黑神目泷（丰崎爱生 配音）是学园一年级的新生，作为学校里的学生会长，黑神拥有完美的外表，优异的成绩，强健的身体和丰厚的家底，如此完美的女神，在生机勃勃的校园里会遇见怎样有趣的故事呢？ 人吉善吉（小野友树 配音）是黑神的青梅竹马，两人从小玩到大，彼此之间感情十分要好。作为支持率百分之九十八的学生会长，黑神联手人吉善吉设置了“意见箱”，同好友阿久根高贵（浪川大辅 配音）、喜界岛枫夏（芽野爱衣 配音）等人一起，解决校园中的各类疑难杂症。然而，随着黑神的势力越来越大，一些不友好的声音随之而来。
如果登上塔，一切就都可以得到。 塔顶上有着这世界上的一切，可以得到这个世界……成为神。 为了欣赏星空而登塔的少女·蕾哈尔，以及如果有蕾哈尔这样的女朋友就什么也不需要了的少年·二十五夜，他们之间的故事开始了。
自他共に認める（？）ドジっ子の“安藤そあこ”は、遅刻寸前の学校に向かって急いでいた。しかし彼女はそこである異変に気づく。なんと彼女は下着を付け忘れていたのだ！！ そのまま学校に登校してしまった彼女に降りかかる出来事とは…
