学校里的音乐大赛结束了。可是日野香穗子仍然一如既往地进行着小提琴的练习。她再次对自己与其它参赛选手之间的实力差距有了认识,但仍然抱着喜欢小提琴的心情全心投入地继续努力着。可是此时有一个看到她练习时样子的少年卫藤桐也,却对她的努力报以冷淡的语言。而且随着星奏学院下一任理长吉罗晓彦的登场,发生了更加令人震惊的事件!在这种情形下,香穗子的面前又出现了一个神秘的转学生加地葵……
西历5012年。突然入侵地球的<外星人>与其制造的<机械生物>导致人类面临灭亡危机。 仅存的人类逃至月球,为了夺回地球,利用<人造人>士兵展开反攻作战。 然而无限增加的<机械生物>阻挡在前,战争陷入胶著状态。 作为最终兵器,人类派遣新型人造人<寄叶>部队至地球。刚被派往地球的<2B>与先行调查员<9S>会合,一同执行任务,却在途中遇见许多神秘难解的现象……。 这是关于为人类而战,无生命<人造人>的故事-- PS:Automata指的是“自动人形”,别再机械纪元求求了。