这是一座地处大山深处、人口稀少的小村庄。村中的小学内，孩子们欢快的呼声仿佛就在昨天，然而如今这里却再也看不到一个小天使的身影。人口老龄化和过疏化，让村子变得老态龙钟，暮气沉沉。前校长（坂本长利 饰）打理着早已关闭的旧校舍，就像对待自己的孩子般恋恋不舍，而校舍终将迎来拆除的命运。某天，曾在该小学长大的野田（西岛秀俊 饰）回到村中，如今他是某博物馆馆员，因为学校内不久出土了绳文时期的文物，因此被派来做清查。此外，他还希望能够找到当初亲手埋下的时间胶囊。 快乐的孩子们都去哪了，他们仿佛被哈梅尔的笛子带走，只留给老人们无尽的思念和牵挂……
第二次世界大战期间，中国河北挂甲台村的农民马大三（姜文饰）在日本人的统治下过着平静的生活。一个晚上，游击队绑架了日军陆军士兵花屋小三郎（香川照之饰）和翻译董汉臣，把他们捆绑塞入麻袋放在马大三家里，并吩咐马好好看管，几天后的大年三十来带人。马大三和村民战战兢兢地看守两人，花屋小三郎和董汉臣数次发出求救信号，皆被村民化解。半年过去了，村民们担心事情暴露，却又不敢把花屋等放了。 马大三最终被董汉臣说动，把花屋和董送到了日军宪兵队驻地，以换取粮食。日军宪兵军官酒冢猪吉是花屋的同乡。他表面上对马等人客气，但背后指责花屋让皇军蒙耻并殴打了他。宪兵队整队去马的村子里和村民联欢送粮，酒到酣时却乍露杀机。
