世界著名的機械工學者葉山博士，連同大兒子譲治、次子竜治，為最年少的三弟健治舉辦生日會時，三人就在途中被達達星人捕捉了。 後來達達星人派遣機械人軍團侵略地球，此時由宇宙來了兩個機械人。他們就是移植了譲治及竜治所有性格記憶的天地雙龍。此兩個等於親生兄長的機械人，就開始為地球作戰了。
メジャーリーガーの父（吾郎）を持つ、主人公・茂野大吾と親友の佐藤光、佐倉睦子たちの友情を描いた前作（第１シリーズ）から２年―。 小学６年生だった大吾や睦子は、中学２年生の春を迎えていた。 姉・いずみも通っていた私立風林中の野球部に進んだ大吾たち。 ところが、先輩の多くが抜け、残されたメンバーは個性的な女子ばかり。 そこにクセの強い新入生たちもやってきて…。 山あり谷ありの中学野球部ライフが幕を開ける！？
