《最后的99天》取材于真实的历史事件，讲述了解放前夕，在距新政协预定的会期还有99天之际，上海地下党为了争取并掩护民主人士北上参加第一届新政协会议，一对同父异母的兄弟即共产党人肖昆和国民党军官肖鹏之间，展开殊死搏斗的故事。
律师韩绪年轻有为，事业成功但夫妻关系冷淡。 碍于朋友情面，韩绪出面为被控涉嫌贩运毒品的缪兰做辩护律师。缪兰入狱前是“红翻天”的老板，年轻漂亮。入狱后一直喊冤不止，认为自己是被诬陷的。当韩绪在看守所会见缪兰时，情绪过激的缪兰竟挟持韩绪要求释放。警方紧急出动，韩绪沉着应对，化解危机。出于职业敏感，韩绪对此案展开了深入调查，但立功心切的公安局徐局长却认为本案已经铁证如山，刻意阻挠。多亏当年的警队好友孙智……
杜月红（陈好 饰）生得貌美又多才多艺，是坊间风流才子趋之若鹜的所在，然而，她火爆的个性和极高的择偶条件令其中的大部分人望而却步。柳世杰（焦恩俊 饰）才高八斗却偏偏不好功名，他喜欢过闲云散鹤般的田园生活，对功名利禄嗤之以鼻。 就是这样两个个性迥异的人，缘分将他们误打误撞的牵到了一起，从起初的误会到之后的心心相惜，两人之间的距离越来越近。之后，柳世杰更是在杜月红的一手策划之下成为了杜家的上门女婿，从此以后，柳世杰的闲散生活彻底画上了句号，因为一心想嫁状元之才的杜月红开始想尽了法子，为的就是逼迫柳世杰进京赶考。
